物流企业经营流程及税务处理指南

物流企业，是指具备或租用必要的运输工具和仓储设施，至少具有从事运输（或运输代理）和仓储两种以上经营范围，能够提供运输、代理、仓储、装卸、加工、整理、配送等一体化服务，并经工商行政管理部门登记注册的经济组织。

物流企业主要经营流程：货物托运人签填托运单；托运单内容的审核和受理；核实理货；货物的监装和监卸。营运部门在完成每单运输任务后，将托运单据转交给财务部门，财务部门根据收到的确认完成的运输作业的单据，据以确认收入，开具增值税专用发票。

物流公司兼营不同业务，有的是货运+代理，有的是货运+仓储，有的是仓储+代理，根据物流包含的具体业务，分别适用税率。

运输服务包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务，适用9%税率。

物流辅助服务，包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务，适用6%税率。

物流与快递的区别，按接收货物重量，一般30公斤以上发物流；按服务对象，快递一般为个人，物流一般为企业；按末端派送模式，快递一般可以送货到家，物流一般不送货上门；按仓储不同，快递注重及时性，随到随走，物流仓储则根据需求而定。

如果物流企业混合经营业务无法准确划分，根据《增值税暂行条例》第三条规定，纳税人兼营不同税率的项目，应当分别核算不同税率项目的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。

根据《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）规定，一般纳税人的收派服务可以选择适用简易计税方法计税。物流企业如兼营快递服务，需要将简易计税项目与一般计税项目分开核算，分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。

（一）物流企业兼营运输、仓储、收派等业务，有简易计税方法业务，又有一般计税方法业务，根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。

（二）允许抵扣的进项税额

1.自2020年3月1日起，增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。纳税人在进行增值税纳税申报时，如需用于申报抵扣增值税进项税额或申请出口退税、代办退税，应当登录增值税发票综合服务平台确认发票用途。

2.取得桥、闸通行费发：票桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%

3.取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单：航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%

注意：如果票面有燃油附加费，要和票价一起合计计算进项税额。民航发展基金不计入计算进项数额的基数。航空运输电子客票行程单上的旅客身份信息需与报销人的身份信息一致。

4.取得取得注明旅客身份信息的铁路车票：铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1+9%）×9%，注意票面旅客身份信息需与报销人的身份信息一致。

5.取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3%，注意票面旅客身份信息需与报销人的身份信息一致。

注意：（1）公路、水路客票需有旅客身份信息的才可以计算抵扣进项税金；无旅客身份信息的客票，比如出租车票、长途客运手撕票等，不能抵扣进项税额；（2）票面旅客身份信息需与报销人的身份信息一致；（3）与本单位建立了合法用工关系的雇员，所发生的国内旅客运输费用允许抵扣其进项税额。纳税人如果为非雇员支付的旅客运输费用，不能纳入抵扣范围。

6.取得增值税电子普通发票，进项税额为发票上注明的税额。注意，取得旅行社、航空票务代理等票务代理机构依6%税率开具的代理旅客运输费用电子普通发票，是购进“现代服务-商务辅助服务”，不属于购进国内旅客运输服务，不得抵扣进项。

上述允许抵扣的进项税额，应用于生产经营所需，如属于集体福利或者个人消费，其进项税额不得从销项税额中抵扣。

7.取得通行费电子发票，通过经营性收费公路部分，取得通行费电子发票（征税发票）抵扣税款；采用充值方式预存通行费及通过政府还贷公路部分（非试点地区），取得通行费电子发票（不征税发票），通过政府还贷公路部分（试点地区），取得通行费财政电子票据，不得抵扣税款。

（一）自2020年2月1日起，增值税小规模纳税人（其他个人除外）发生增值税应税行为，需要开具增值税专用发票的，可以自愿使用增值税发票管理系统自行开具，不再有行业限制。选择自行开具增值税专用发票的小规模纳税人，税务机关不再为其代开增值税专用发票。自愿选择自行开具增值税专用发票的小规模纳税人销售其取得的不动产，需要开具增值税专用发票的，税务机关不再为其代开。

（二）代开发票，根据《国家税务总局关于开展网络平台道路货物运输企业代开增值税专用发票试点工作的通知》（税总函〔2019〕405号）规定，纳入试点的网络平台道路货物运输企业（以下称试点企业）可以为同时符合以下条件的货物运输业小规模纳税人（以下称会员）代开增值税专用发票，并代办相关涉税事项。

1.在中华人民共和国境内提供公路货物运输服务，取得《中华人民共和国道路运输经营许可证》和《中华人民共和国道路运输证》。以4.5吨及以下普通货运车辆从事普通道路货物运输经营的，无须取得《中华人民共和国道路运输经营许可证》和《中华人民共和国道路运输证》。

2.以自己的名义对外经营，并办理了税务登记（包括临时税务登记）。

3.未做增值税专用发票票种核定。

4.注册为该平台会员。

根据《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）规定，重新发布《货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票管理办法》，自2020年1月1日起实施。

（三）发票开具可能存在的风险

1.发票分类编码选择错误，将“运输服务”项目开具为“物流辅助服务”项目

2. 虚开发票：

（1）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；

（2）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；

（3）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

3. 未按照规定的时限、顺序和栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章（记账联不需要盖）。

六、税收优惠

例：某物流企业自有土地上自建仓储设施，主要用于储存粮食、棉花、油料、糖料、蔬菜等商品。占地面积共9500平方米，其中：仓房（含配送中心）占地7000平方米，道路、装卸搬运区域占地1500平方米，办公、生活区用地1000平方米。仓储设施所在地段的城镇土地使用税的税额标准为每平米9元。2020年甲企业应交多少土地使用税？

1.仓储设施用地：（7000+1500）=8500平方米：年应纳税额=实际占用应税土地面积（平方米）×适用税额=8500×9×（1-50%）=38250元

2.办公、生活区用地1000平方米，应按规定征收城镇土地使用税。年应纳税额=实际占用应税土地面积（平方米）×适用税额=1000×9=9000元：合计应交土地使用税38250+9000=47250元。

（一）收入实现

借：现金/银行存款/预收账款

贷：主营业务收入--运输收入（货运收入）/装卸收入/收派收入等

应交税费——应交增值税（销项税额）

应交税费——简易计税

应交税费——应交增值税小规模纳税人

（二）总分站之间业务

1.收到分站交来运输收入

借：银行存款

贷：其他应收款--进款往来